《深海迷航2》發售後，玩家不僅討論遊戲本身，其嚴苛的用戶協議也引發了廣泛爭議。VPN使用限制、直播限制、公司可遠程訪問遊戲以及其他爭議條款，引起了社區強烈不滿。
面對批評，開發商Unknown Worlds公開回應稱，無意對玩家、主播或內容創作者採取任何行動。團隊強調，用戶可以放心通過Proton在Linux上運行遊戲，且《深海迷航2》並未使用任何第三方後台程序追蹤玩家活動。同時，開發者確認支持模組創作，只要符合社區規則，不會限制玩家自製Mod。
此外，Unknown Worlds表示正在研究玩家對用戶協議的投訴，並考慮修改相關措辭。工作室回應後，部分粉絲表示情況「看起來平靜多了」，但對協議本身的質疑仍未完全消散。
