《薩爾達傳說：時之笛》重製版重新設計了水之神殿，重點改善原作辨路困難、移動緩慢和頻繁切換裝備等問題。參與設計原版迷宮的青沼英二將這次修改稱為「遲交的作業」，並要求團隊針對原版的高難度作出調整。
空間視覺是此次改動的重點。部分容易令玩家失去方向感的牆面改為格柵式結構，可以直接看到相鄰房間。迷宮的牆壁、隧道、環境障礙和照明也經過重做，發光立柱等視覺線索將引導玩家前往新區域，幫助玩家理解整體布局並記住所在位置。
水下探索仍會保留。青沼英二希望延續水下聲音和空間感帶來的獨特體驗，同時通過更靈活的林克操控緩解原版水下移動過慢的問題。從目前有限的展示來看，敵人配置和謎題結構大體延續原作，但目標可能因視覺提示更加清楚而更容易識別。
重製版的全局玩法調整也會作用於水之神殿。玩家可以通過快捷界面切換道具，無需反覆進入菜單，任務導航工具也得到強化。此外，遊戲還加入完整的鏡頭控制和通用跳躍能力，在改善房間辨識與移動節奏的同時，保留水下探索和核心謎題特色。
