儘管長期擔任《潛龍諜影》系列的主演，演員大衛·海特坦言，自己也沒完全理解整個系列的故事。在近期採訪中，被問及系列劇情時，他回應：「我理解《潛龍諜影》嗎?大概算理解吧。但全部?絕對沒有。」他還回憶道：「錄音時我也常問『這什麼意思?』，對方只說『照著念就行』。」
不過海特並未因此埋怨這個系列：「這正是《潛龍諜影》的魅力所在——資訊量、角色塑造和故事細節極其豐富，通關多少次都未必能完全消化，這也讓那個世界顯得無比真實、豐滿而可愛。」
《潛龍諜影》常被貼上「難懂」的標籤。雖然確實有些離奇設定，但主線其實並不複雜。只是系列橫跨七部正傳，後期（尤其《潛龍諜影4》後）才漸漸變得混亂：比如有角色裝神弄鬼了兩部遊戲，有人因腸易激綜合徵免疫反派的最強武器，還有一些為銜接劇情而做的強行修改。
