《Re：VER》中的故事始於一名日本國會議員在公共場合被殺，不知何故，主角天音雪典被指責為罪魁禍首。雪典成為一名通緝犯，生活在社會的邊緣，不顧一切地證明自己的清白。
雪典正在與他的同伴、前偶像日凪睦美一起旅行並倖存下來，後者也被誣告犯有不法行為。他們為生存而奮鬥就是從這裡開始的，他們必須仔細探索，尋找食物、藥物，並希望他們的清白。他們必須從一個安全屋搬到另一個安全屋，每天靠他們撿到的食物生存，同時一直避開公眾的視線。該遊戲具有「公民傳感器系統」，每次你被發現在垃圾桶里翻找時，他們都會注意到。
在避開公眾視線的同時，你通常可以通過現代、2D 和像素化的現代東京自由探索，到處都是各種建築物和霓虹燈，但也有黑暗的立交橋和更黑暗的後巷。東京的每個地區都有各種隱藏的東西可供尋找的區域。在你被注意的次數達到一定程度時，巡警會增加。
在探索東京霓虹燈街和骯髒的小巷時，你必須避開那些警察，因為它們也會增加你的調查率。假設一旦你達到 100%，你就會被逮捕，遊戲就結束了。雖然遊戲版的東京可能沒有現實生活中的東京那麼大，但它的比例肯定很好，即使使用這些像素視覺效果也能描繪出它的密度。背景中的視差滾動是多層的，當四處移動時，一切看起來都很棒而且非常時尚。
遊戲中的第一個主要任務是為日凪獲取藥物，同時要為他們獲取食物和水。為了獲得藥物，需要幾天時間才能真正完成所有工作，如果你不注意自己的生存，雛木甚至可能會死。乍一看，Re：VER似乎只是探索和收集東西，但你也必須製作東西，包括一些更常見的食物，比如橡子。哦，是的，你可以烤那些橡子，因為當你作為流浪者生活時，你必須吃任何你能得到的東西。
實際上，你必須管理第三種生存機制，那就是你的理智。逃亡生活，因謀殺被通緝，恐怕精神上不是一個好地方，所以你必須偶爾吃抗瘋藥，這樣雛木和雪典都不會發瘋。所以遊戲的全部重點是生存並證明你的清白，兩個遊戲結束的條件是你被捕或任何一個主角發瘋。
